Due fatti importanti segnano la vita del comune di Villa durante il XVI secolo: il primo, di valenza strettamente locale, è la concessione ducale di allestire annualmente una fiera sul territorio comunale il 15 agosto, festa dell’Assunzione della Beata Vergine Maria, evento di notevole rilievo per il centro ossolano perché a questa fiera era previsto il concorso non solo delle popolazioni ossolane, ma anche delle vicine genti vallesane, particolarmente interessate giacché tra i beni trattati veniva privilegiato il bestiame allevato sugli alpeggi dei due versanti alpini; il secondo, di ordine politico, risulta essere il passaggio dell’Ossola Superiore sotto il diretto dominio della corona spagnola, che durerà fino al trattato di Worms stipulato il 13 settembre 1743.
Fra le vicende locali del XVII secolo va ricordato come anche il comune di Villa si fosse adeguato alle ordinanze del governo spagnolo di Milano; quelle del 26 febbraio 1616, che stabilivano la formazione di milizie popolari, incisero nel tessuto delle vicende comunali: anche Villa ebbe la sua milizia e sotto il comando del suo capitano vennero poste anche le compagnie della Valle Antrona.
Nel XVIII secolo il passaggio sotto il governo dei re si Sardegna avvenuto nel 1743 legava per sempre Villa e l’Ossola Superiore alle vicende degli Stati Sabaudi, con l’importante eccezione dell’epoca della Rivoluzione Francese e della successiva Età napoleonica, allorché l’Ossola ritornò sotto la giurisdizione di Milano, aggregata nel 1799 con l’intero Dipartimento dell’Agogna alla Repubblica Cisalpina.
L’anno precedente, in aprile si era consumata la tragedia dei moti insurrezionali “giacobini” in val d’Ossola, conclusasi con la fucilazione di 67 rivoltosi inneggianti alla libertà.
La dominazione napoleonica coincise per l’Ossola con l’impresa della costruzione della strada del Sempione, e con il conseguente ritorno al perseguimento dell’antica vocazione della valle – e nel suo piccolo della stessa Villa – quale crocevia del traffico internazionale.